清華生命學(xué)院顏寧研究組發(fā)文報道脂類轉(zhuǎn)運蛋白ABCA1的三維結(jié)構(gòu)
清華新聞網(wǎng)6月9日電 6月8日，清華大學(xué)生命學(xué)院顏寧研究組在《細胞》(Cell)期刊在線發(fā)表了題為《人源脂類外向轉(zhuǎn)運蛋白ABCA1的結(jié)構(gòu)》（Structure of the Human Lipid Exporter ABCA1）的研究論文，首次報道了膽固醇逆向運輸過程中的關(guān)鍵蛋白ABCA1近原子分辨率的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)，為理解其作用機制及相關(guān)疾病致病機理奠定了重要基礎(chǔ)。
膽固醇廣泛存在于高等動物的各類組織細胞當(dāng)中，它不僅是細胞膜、血漿脂蛋白的重要組成部分，也是包括膽酸、維生素D、類固醇激素在內(nèi)的許多特殊生物活性分子的前體化合物。但人體內(nèi)過量的膽固醇積累會促進血管動脈粥樣硬化的發(fā)生和發(fā)展，導(dǎo)致嚴(yán)重的心腦血管疾病（如冠心病及中風(fēng)等）。由于膽固醇對于人體健康具有兩面性，所以細胞內(nèi)的膽固醇平衡(cholesterol homeostasis)對于維持人體的健康極其重要。細胞內(nèi)的膽固醇平衡涉及一系列受嚴(yán)格調(diào)控的過程(圖1)，例如低密度脂蛋白受體介導(dǎo)的膽固醇攝取、以乙酰輔酶A為原料的膽固醇合成、固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白/固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白裂解激活蛋白/胰島素誘導(dǎo)基因（SREBP/SCAP/Insig）信號通路介導(dǎo)的膽固醇代謝轉(zhuǎn)錄調(diào)控、NPC1/NPC2介導(dǎo)的膽固醇胞內(nèi)轉(zhuǎn)運、ATP結(jié)合盒轉(zhuǎn)運蛋白A1/膜轉(zhuǎn)運蛋白（ABCA1/ABCG1)介導(dǎo)的膽固醇逆向運輸(reverse cholesterol transport)等。
顏寧教授研究組一直在針對膽固醇代謝調(diào)控通路進行系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)與生物化學(xué)研究，近年來相繼解析了膽固醇感應(yīng)蛋白胰島素誘導(dǎo)基因（Insig）在分枝桿菌中同源蛋白的晶體結(jié)構(gòu)（Ren et al., Science, 2015)；裂殖酵母固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白、固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白裂解激活蛋白（SREBP、SCAP）各自C端可溶結(jié)構(gòu)域的晶體結(jié)構(gòu)及可溶結(jié)構(gòu)域復(fù)合體的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)(Gong et al., Cell Research, 2015; Gong et al., Cell Research, 2016)；人源膽固醇胞內(nèi)轉(zhuǎn)運蛋白NPC1的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)(Gong et al., Cell, 2016)。
圖1. 細胞內(nèi)膽固醇平衡的整體示意圖 (圖片來源：《分子生物學(xué)方法》)。
膽固醇逆向運輸是指將肝外組織細胞內(nèi)的膽固醇通過血液循環(huán)轉(zhuǎn)運回到肝臟、在肝臟中進行代謝轉(zhuǎn)化再排出體外的過程，該過程可以通過將過量的膽固醇從動脈血管壁細胞排出體外來阻止泡沫細胞的形成，從而抑制動脈粥樣硬化的發(fā)生和發(fā)展。過程第一步是ATP結(jié)合盒轉(zhuǎn)運蛋白A1（ABCA1）將包括磷脂和膽固醇在內(nèi)的脂類向細胞外運輸，然后與細胞外的脂類受體載脂蛋白A-I(apolipoprotein A-I)結(jié)合，從而形成初生高密度脂蛋白(nascent HDL)。高密度脂蛋白HDL被認(rèn)為對人體有益，脂類的外排和與脂類受體載脂蛋白A-I的結(jié)合是HDL形成的限速步驟。之前的研究發(fā)現(xiàn)，人體中的ABCA1突變會導(dǎo)致HDL缺乏癥，包括丹吉爾病(Tangier disease)、家族性HDL缺乏癥(familial HDL deficiency)。雖然ABCA1作為膽固醇逆向運輸過程中的關(guān)鍵蛋白，同時在動脈粥樣硬化等疾病的發(fā)生和發(fā)展過程中具有關(guān)鍵性作用，但是目前對于ABCA1的結(jié)構(gòu)及其介導(dǎo)的脂類外向轉(zhuǎn)運和初生HDL形成的機制大部分尚未知曉。
在最新的《細胞》論文中，來自清華大學(xué)的科研人員首次解析了人源ABCA1全長蛋白的近原子分辨率冷凍電鏡結(jié)構(gòu)，其中整體結(jié)構(gòu)為4.1埃，關(guān)鍵的胞外區(qū)結(jié)構(gòu)域為3.9埃。ABCA1屬于ABC的ATP結(jié)合盒（ATP-binding cassette)超家族，這是第一個ABCA亞家族的高分辨率結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)顯示具有非常特別的胞外區(qū)結(jié)構(gòu)域。雖然ABCA1的核酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域(nucleotide-binding domain, NBD)處于未結(jié)合核酸的狀態(tài)，但它的跨膜區(qū)卻意外處于“向外開放”(“outward-facing”)的狀態(tài)，而以前報道的所有ABC外向轉(zhuǎn)運蛋白在未結(jié)合核酸時都處于向內(nèi)開放(inward-facing)的狀態(tài)。ABCA1的胞外區(qū)形成了一個非常獨特的結(jié)構(gòu)，其中包含了一個長的疏水孔道(elongated hydrophobic tunnel)，為進一步的功能研究提供了非常關(guān)鍵的線索。ABCA1的高分辨率結(jié)構(gòu)，也為理解之前大量疾病突變的致病機制提供了重要基礎(chǔ)。
基于結(jié)構(gòu)分析，他們針對ABCA1介導(dǎo)的磷脂外向轉(zhuǎn)運提出了一個側(cè)向進入(lateral access)的轉(zhuǎn)運模型，這個模型不同于以往絕大部分主動轉(zhuǎn)運蛋白和次級轉(zhuǎn)運蛋白所采取的交替轉(zhuǎn)運(alternating access)模型。在交替轉(zhuǎn)運模型中，轉(zhuǎn)運蛋白的跨膜區(qū)在轉(zhuǎn)運過程中需要交替地呈現(xiàn)向內(nèi)開放和向外開放的形式，從而實現(xiàn)將底物從膜的一側(cè)向另一側(cè)轉(zhuǎn)運。然而在ABCA1的側(cè)向進入模型中，跨膜區(qū)即使在“向外開放”的情況下，底物依然可以從細胞膜的內(nèi)葉(inner leaflet)側(cè)向進入跨膜區(qū)的底物結(jié)合口袋。因此，ABCA1在轉(zhuǎn)運過程中可能不存在一個“向內(nèi)開放”的狀態(tài)(圖2)。總的來說，ABCA1結(jié)構(gòu)的解析不僅為理解其作用機制及相關(guān)疾病致病機理奠定了重要基礎(chǔ)，也豐富了對跨膜轉(zhuǎn)運蛋白工作機理的理解。
圖2. 人源ABCA1蛋白的結(jié)構(gòu)模型及其介導(dǎo)磷脂外向轉(zhuǎn)運和初生HDL形成的示意圖。
生命科學(xué)聯(lián)合中心博士研究生項目（CLS）2013級博士生錢洪武和結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心卓越學(xué)者龔欣博士（醫(yī)學(xué)院博士后）為本文的共同第一作者，顏寧教授和龔欣博士為本文的共同通訊作者。生命科學(xué)聯(lián)合中心博士研究生項目16級博士生趙馨和醫(yī)學(xué)院15級博士生曹平平參與了該項課題研究。本研究獲得了清華大學(xué)冷凍電鏡平臺雷建林博士、李小梅和李曉敏的大力支持。國家蛋白質(zhì)科學(xué)中心（北京）清華大學(xué)冷凍電鏡平臺和清華大學(xué)高性能計算平臺分別為本研究的數(shù)據(jù)收集和數(shù)據(jù)處理提供了支持。科技部、基金委、生命科學(xué)聯(lián)合中心-清華大學(xué)、生物膜與膜生物工程國家重點實驗室、北京市結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心為本研究提供了經(jīng)費支持。
論文鏈接：
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30580-9
供稿：生命學(xué)院 編輯：悸寔 華山
